Ngoài các chức năng xét xử, Tòa án Tối cao còn chịu trách nhiệm quản lý hệ thống tòa án Hàn Quốc.

Hội đồng Thẩm phán Tòa án Tối cao

Hội đồng Thẩm phán Tòa án Tối cao bao gồm cơ quan quản lý tòa án cao nhất tại Hàn Quốc. Hội đồng này do Chánh án chủ trì, với tất cả các Thẩm phán của Tòa án Tối cao ngồi trong Hội đồng. Hội đồng có quyền ban hành các quy tắc tố tụng cho Tòa án Tối cao và các tòa án cấp dưới, lựa chọn các tiền lệ tư pháp để công bố, yêu cầu ngân sách cho ngành tư pháp và phán quyết về các vấn đề khác mà Chánh án đưa ra. Ngoài ra, Hội đồng có trách nhiệm xác nhận các đề cử của Chánh án Thẩm phán cho các tòa án cấp dưới.

Để thông qua một nghị quyết, Hội đồng Thẩm phán yêu cầu một số đại biểu gồm hơn hai phần ba số Thẩm phán của Tòa án Tối cao, phần lớn trong số đó phải phê chuẩn biện pháp được đề xuất. Chánh án có một cuộc bỏ phiếu trong Hội đồng, và được trao quyền ưu tiên bỏ phiếu quyết định trong trường hợp hòa.

Cơ quan Tòa án Quốc gia

Cơ quan quản lý tòa án quốc gia do Bộ trưởng Bộ quản lý tòa án quốc gia đứng đầu và đảm nhiệm phần lớn các hoạt động hàng ngày và nhiệm vụ hành chính chung của ngành tư pháp. Bộ trưởng và Thứ trưởng Bộ Hành chính Tòa án Quốc gia có quyền phát biểu trước Quốc hội và Hội đồng Nhà nước về các vấn đề liên quan đến quản lý tòa án.